寄生蟲病仍是全球健康領(lǐng)域的重大挑戰(zhàn)之一，傳統(tǒng)的寄生蟲檢測主要依靠顯微鏡鏡檢，依賴于經(jīng)驗豐富的專業(yè)技術(shù)人員，且對低感染度樣本的漏檢率較高。宏基因組測序技術(shù)（mNGS）依靠其通量高、無偏倚、隨機的特性，能夠快速、客觀地對樣本中的多種病原體進行“一網(wǎng)打盡”的檢測，在寄生蟲鑒定中具有較高的應(yīng)用價值。然而，該技術(shù)應(yīng)用于寄生蟲鑒定還存在一定困難，包括需要熟練進行生物信息學(xué)分析、參考數(shù)據(jù)庫存在偏倚，以及缺乏寄生蟲鑒定的標(biāo)準(zhǔn)化分析流程等。

近日，江蘇省血吸蟲病防治研究所在國際熱帶病領(lǐng)域知名期刊《Parasites & Vectors》上發(fā)表了題為“PGIP: a web server for the rapid taxonomic identification of parasite genomes”的研究性論著。

該研究開發(fā)了寄生蟲基因組鑒定平臺（Parasite Genome Identification Platform，PGIP）。該平臺具有用戶友好的圖形化操作界面和標(biāo)準(zhǔn)化的自動分析流程，可實現(xiàn)對測序數(shù)據(jù)的快速分析。此外，針對現(xiàn)有其他平臺的寄生蟲參考基因組數(shù)據(jù)庫質(zhì)量參差不一的問題，研究還開發(fā)了專業(yè)的寄生蟲參考基因組數(shù)據(jù)庫，確保鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性。

PGIP的參考寄生蟲基因數(shù)據(jù)庫，包括74種原蟲、206種蠕蟲，共280種寄生蟲參考基因組，且數(shù)據(jù)庫將實時更新。平臺操作界面為圖形化界面，用戶上傳所需分析的測序文件后，根據(jù)頁面指引，點擊申請分析，平臺即開始分析。平臺可自動對數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制、拼接、比對等操作，對樣本中可能存在的寄生蟲感染進行快速檢測，當(dāng)分析完成后即可下載鑒定報告。

目前，PGIP已正式上線（平臺地址：http://pgip.jipd.com:1443/f），并成功完成多例寄生蟲感染的鑒定，降低了臨床醫(yī)生和公共衛(wèi)生人員的技術(shù)使用門檻，推動了宏基因組下一代測序技術(shù)在常規(guī)診斷中的應(yīng)用。

江蘇省血吸蟲病防治研究所曹俊研究員和劉耀寶副研究員為本文共同通訊作者；江蘇省血吸蟲病防治研究所張嘉堯主管醫(yī)師為本文第一作者。

全文鏈接：https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-025-07007-3